TAO Toolkit 5.0 に追加された Data Service を活用

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2023 年 7 月末に TAO Toolkit 5.0 がリリースされました。TAO Toolkit 5.0 ではいくつかの機能が追加されていますが、本記事ではデータの前処理、アノテーション、分析に役立つ TAO Data Service について記述します。Notebook に記載された一部のコマンドについて説明します。

TAO Data Service とは

TAO Data Service には 4 つの主要パイプラインがあります。

DALI を使用したオフラインデータ拡張
DALI はデータの前処理を GPU で高速化するソフトウェアです。オフライン Data Augmentation サービスにより、ユーザーは、トレーニング中のオンライン Augmentation でよく使用されるランダム Augmentation よりも速度の早い GPU アクセラレーションによる空間/カラー/カーネル Augmentation ルーチンでデータ拡張をすることができます。
TAO Mask Auto-labeler (MAL) によるオートラベリング
畫像ベースのデータセットにアノテーションを付けるのは、非常に面倒で時間がかかります。オブジェクトの周囲に適切なインスタンスマスクにラベルを付けるには、バウンディングボックスの 10 倍の時間がかかります。TAO Mask Auto-labeler は、バウンディングボックスがあれば、インスタンスのセグメンテーションマスクを自動的に生成するように設計されており、ラベリングの手間を大幅に削減します。
アノテーション変換サービス
アノテーション変換サービスは、 TAO モデルで広く使用されている COCO 形式と KITTI 形式の間で、アノテーショングラウンドトゥルースを簡単に変換する方法を提供します。
データ分析サービス
データ分析サービスは、物體検出アノテーションファイルと畫像ファイルを分析し、洞察を作成し、オブジェクトのサイズ、オブジェクトの數など、さまざまなメトリクスに基づいてグラフとサマリーを生成します。

本記事の説明內容:

KITTI データセットを COCO フォーマットに変換
KITTI バウンディングボックスのインスタンスマスクを生成するためのオートラベリングの実行。(このインスタンスマスクはモデルによって作成されるため、pseudo マスクとも呼ばれる。)
KITTI データセットにバウンディングボックスのデータ修正を適用
オリジナルの KITTI データセットと拡張された KITTI データセットの有用な統計情報を収集するために、データ分析を実行

TAO Data Service Notebook

TAO Data Service はこちらの Notebook で確認できます。TAO は TAO CLI を通して Docker を pull し、Docker 內で學習、推論などを実行します。

`~/.tao_mounts.json` を使ってローカルと Docker のパスを連攜します。

source がローカルのパス、destination が docker のパスになります。DockerOptions で起動時のオプションを設定しています。

log

{
    "Mounts": [
        {
            "source": "{local project path}",
            "destination": "{container path}"
        },
        {
            "source": "{local data path}",
            "destination": "{container data path}"
        },
        {
            "source": "{local spec path}",
            "destination": "{container spec path}"
        },
        {
            "source": "{local result path}",
            "destination": "{container result path}"
        }
    ],
    "DockerOptions": {
        "shm_size": "16G",
        "ulimits": {
            "memlock": -1,
            "stack": 67108864
        },
        "network": "host"
    }
}

TAO CLI は下記のようなグループで実行されます。

model
dataset
deploy

model のタスクには、TAO Toolkit がサポートする任意の DNN モデルの 1 つに対して、train、evaluate、inference を実行するルーチンが含まれています。dataset のタスクには、augment や auto_label など、データセットを操作するルーチンが含まれます。deploy のタスクには、モデルの最適化と TensorRT へのデプロイが含まれます。model の場合は下記のような CLI コマンドで実行します。

tao model <task_group> <task> <subtask> <cli_args>

KITTI データを COCO フォーマットに変換する

この Notebook では、KITTI オブジェクト検出データセットを使用しています。ほとんどの TAO 物體検出モデルは、KITTI または COCO アノテーションを入力とします。ここでは、KITTI データを COCO フォーマットへ簡単に変換する方法を示します。変換された COCO json ファイルは、次のセクションで擬似マスクを生成するために使用されます。

COCO format:
```
    annotation{
    "id": int, 
    "image_id": int, 
    "category_id": int, 
    "segmentation": RLE or [polygon], 
    "area": float, 
    "bbox": [x,y,width,height], 
    "iscrowd": 0 or 1,
    }

    image{
    "id": int,
    "width": int,
    "height": int,
    "file_name": str,
    "license": int,
    "flickr_url": str,
    "coco_url": str,
    "date_captured": datetime,
    }

    categories[{
    "id": int, 
    "name": str, 
    "supercategory": str,
    }]
```

Notebook

!cat $HOST_SPECS_DIR/convert.yaml

log

data:
  input_format: "KITTI"
  output_format: "COCO"
  output_dir: "/results"
kitti:
  image_dir: "/data/images"
  label_dir: "/data/labels"
coco:
  ann_file: "/results/data.json"

Kitti から COCO のデータフォーマットに変換します。下記のような出力になります。

Notebook

!tao dataset annotations convert -e $SPECS_DIR/convert.yaml

log

Starting Data-services Annotation conversion.
category to id mapping:
*********************
{'Car': 1, 'DontCare': 2, 'Pedestrian': 3, 'Truck': 4, 'Tram': 5, 'Van': 6}
*********************
100%|███████████████████████████████████████████| 10/10 [00:00<00:00, 86.69it/s]
Annotation conversion finished successfully.
Sending telemetry data.
Execution status: PASS

下記のようなデータが出力されます。

自動ラベルで擬似マスクを生成する

事前に訓練された MAL (Mask Auto-labeler) モデルを使用して、変換された KITTI データに対して擬似マスクを生成します。checkpoint と model を指定することで自分のデータで學習したモデルでマスクを生成できます。

Notebook

!cat $HOST_SPECS_DIR/autolabel.yaml

log

gpu_ids: [0]
results_dir: '/results'
checkpoint: /results/mask_auto_label_vtrainable_v1.0/vit-mae-base-16epoch=10.pth
model:
  arch: vit-mae-base/16
inference:
  load_mask: False
  ann_path: '/results/data.json'
  img_dir: '/data/images'
  label_dump_path: '/results/data_mal.json'

NGC コマンドを使い、オートラベリングで使用可能なモデルを確認します。

Notebook

# List available models
!ngc registry model list nvidia/tao/mask_auto_label:*

log

+-------+-------+-------+-------+-------+-------+------+-------+-------+
| Versi | Accur | Epoch | Batch | GPU   | Memor | File | Statu | Creat |
| on    | acy   | s     | Size  | Model | y Foo | Size | s     | ed    |
|       |       |       |       |       | tprin |      |       | Date  |
|       |       |       |       |       | t     |      |       |       |
+-------+-------+-------+-------+-------+-------+------+-------+-------+
| train |       |       | 1     | V100  | 1065. | 1.04 | UPLOA | Jul   |
| able_ |       |       |       |       | 4     | GB   | D_COM | 17,   |
| v1.0  |       |       |       |       |       |      | PLETE | 2023  |
+-------+-------+-------+-------+-------+-------+------+-------+-------+

NGC コマンドでモデルのダウンロードをします。

Notebook

# Download the model
!ngc registry model download-version nvidia/tao/mask_auto_label:trainable_v1.0 --dest $HOST_RESULTS_DIR

セグメンテーション擬似ラベルの生成を行います。

Notebook

print("For multi-GPU, change `gpus` in autolabel.yaml based on your machine.")
!tao dataset auto_label generate -e $SPECS_DIR/autolabel.yaml

下記のようなログが確認できます。

log

Starting Data-services Auto-label.
Loading validation set...
loading annotations into memory...
Done (t=0.00s)
creating index...
index created!
Validation set is loaded successfully.
Loading pretrained weights.....
Loading pretrained weights.....
Using 16bit native Automatic Mixed Precision (AMP)
GPU available: True (cuda), used: True
TPU available: False, using: 0 TPU cores
IPU available: False, using: 0 IPUs
HPU available: False, using: 0 HPUs
Initializing distributed: GLOBAL_RANK: 0, MEMBER: 1/1
Added key: store_based_barrier_key:1 to store for rank: 0
Rank 0: Completed store-based barrier for key:store_based_barrier_key:1 with 1 nodes.
----------------------------------------------------------------------------------------------------
distributed_backend=nccl
All distributed processes registered. Starting with 1 processes
----------------------------------------------------------------------------------------------------

Missing logger folder: /results/lightning_logs
Restoring states from the checkpoint path at /results/mask_auto_label_vtrainable_v1.0/vit-mae-base-16epoch=10.pth
LOCAL_RANK: 0 - CUDA_VISIBLE_DEVICES: [0]
Loaded model weights from checkpoint at /results/mask_auto_label_vtrainable_v1.0/vit-mae-base-16epoch=10.pth
Validation DataLoader 0: 100%|██████████████████| 31/31 [00:03<00:00,  8.75it/s]val/mIoU: nan
val/mIoU_small: nan
val/mIoU_medium: nan
val/mIoU_large: nan
NaN or Inf found in input tensor.
NaN or Inf found in input tensor.
NaN or Inf found in input tensor.
NaN or Inf found in input tensor.
Validation DataLoader 0: 100%|██████████████████| 31/31 [00:03<00:00,  8.66it/s]
────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
     Validate metric           DataLoader 0
────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
        val/mIoU                    nan
     val/mIoU_large                 nan
     val/mIoU_medium                nan
     val/mIoU_small                 nan
────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
Auto-label finished successfully.
Sending telemetry data.
Execution status: PASS

データ拡張を適用

KITTI データを用いてオフラインで Augmentation を実行します。Augmentation の過程で、歪んだり回転したバウンディングボックスを修正するために、最後のステップで生成された擬似マスクを確認することができます。まずバウンディングボックス修正を使わない Augmentation を行います。

Notebook

print("For multi-GPU, change `num_gpus` in augment.yaml based on your machine.")
!tao dataset augmentation generate -e $SPECS_DIR/augment.yaml data.output_dataset=$RESULTS_DIR/augmented

データ拡張処理を行います。內部で DALI を活用して GPU によるデータの前処理を高速化しています。DALI は GPU でデータの前処理を行うソフトウェアです。大量のデータの前処理を行う際に高速化が期待できます。

Notebook

Starting Data-services Augment.
2023-08-01 02:26:47,917 - INFO - Data augmentation started. (generate.py:46)
Data augmentation started.
/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/nvidia/dali/ops.py:649: DeprecationWarning: WARNING: `image_decoder` is now deprecated. Use `decoders.image` instead.
In DALI 1.0 all decoders were moved into a dedicated :mod:`~nvidia.dali.fn.decoders`
submodule and renamed to follow a common pattern. This is a placeholder operator with identical
functionality to allow for backward compatibility.
  op_instances.append(_OperatorInstance(input_set, self, **kwargs))
100%|███████████████████████████████████████████| 10/10 [00:00<00:00, 21.91it/s]
2023-08-01 02:26:49,661 - INFO - Data augmentation finished in 1.74s. (generate.py:115)
Data augmentation finished in 1.74s.
Augment finished successfully.
Sending telemetry data.
Execution status: PASS

バウンディングボックス修正を含めたデータ拡張処理をします。バウンディングボックス修正とはオフラインでデータ拡張 (回転処理) をする際にバウンディングボックスがずれてしまうケースがあるため、それを修正する処理になります。

Notebook

print("For multi-GPU, change `num_gpus` in augment.yaml based on your machine.")
!tao dataset augmentation generate -e $SPECS_DIR/augment.yaml \
    data.output_dataset=$RESULTS_DIR/refined \
    spatial_aug.rotation.refine_box.enabled=True \
    spatial_aug.rotation.refine_box.gt_cache=$RESULTS_DIR/data_mal.json

log

Starting Data-services Augment.
2023-08-01 02:27:58,500 - INFO - Data augmentation started. (generate.py:46)
Data augmentation started.
loading annotations into memory...
Done (t=0.00s)
creating index...
index created!
/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/nvidia/dali/ops.py:649: DeprecationWarning: WARNING: `image_decoder` is now deprecated. Use `decoders.image` instead.
In DALI 1.0 all decoders were moved into a dedicated :mod:`~nvidia.dali.fn.decoders`
submodule and renamed to follow a common pattern. This is a placeholder operator with identical
functionality to allow for backward compatibility.
  op_instances.append(_OperatorInstance(input_set, self, **kwargs))
100%|███████████████████████████████████████████| 10/10 [00:00<00:00, 16.76it/s]
2023-08-01 02:28:00,397 - INFO - Data augmentation finished in 1.90s. (generate.py:115)
Data augmentation finished in 1.90s.
Augment finished successfully.
2023-08-01 02:28:00,575 - INFO - Converting COCO json into KITTI format... (generate.py:168)
Converting COCO json into KITTI format...
loading annotations into memory...
Done (t=0.00s)
creating index...
index created!
2023-08-01 02:28:00,706 - INFO - KITTI conversion is complete. (generate.py:175)
KITTI conversion is complete.
Sending telemetry data.
Execution status: PASS

データ拡張 (2 番目の畫像) とデータ拡張を修正したデータを可視化したもの (3 番目の畫像) は下記です。3 つ目の畫像はデータ拡張した後にバウンディングボックスを修正してサイズを調整しています。

データ分析の実行

KITTI データを使ってデータ分析を実行します。この機能は以下をサポートします:

analyze – このタスクは入力ファイルを分析し、計算された統計のグラフを生成します。また、バウンディングボックス付きの畫像を生成することもできます。グラフは、ユーザーの入力に応じて、ローカルまたは wandb 上で生成することができます。
validate – このタスクは、無効な座標、不均衡データを計算することによって入力ファイルを検証し、データを修正する必要があるかどうかを提案します。

データ分析仕様の提供

データ分析パラメータを設定するための spec ファイルを提供します。

data:
- input_format: “KITTI”
- output_dir: “/results/analytics”
- image_dir: “/data/images”
- ann_path: “/data/labels”
workers: 2
image:
- generate_image_with_bounding_box: False
- sample_size: 100
graph:
- generate_summary_and_graph: True
- height: 15
- width: 15
- show_all: False
wandb:
- visualize: False
- project: “tao data analytics”

image セクションは、バウンディングボックスを含む畫像を生成するかどうかを設定します。
graph セクションは、生成されるグラフの高さと幅を設定します。graph.show_all パラメーターは、生成されるグラフ上のすべてのアノテーションデータを可視化するかどうかを決定します。
wandb セクションは、wandb 上でグラフを生成するかどうかを設定します。デフォルトでは、すべてのグラフと畫像は data.output_dir フォルダ內にローカルに生成されます。

Notebook

!cat $HOST_SPECS_DIR/analytics.yaml

log

data:
  input_format: "KITTI"
  output_dir: "/results/analytics"
  image_dir: "/data/images"
  ann_path: "/data/labels"
workers: 2
image:
  generate_image_with_bounding_box: False
  sample_size: 100
graph:
  generate_summary_and_graph: True
  height: 15
  width: 15
  show_all: False
wandb:
  visualize: False
  project: "tao data analytics"

ローカルデータの可視化によるデータ分析を行います。アノテーションファイルが分析され、インサイトグラフがローカルに生成されます。

Notebook

!tao dataset analytics analyze -e $SPECS_DIR/analytics.yaml

log

Starting Data-services KITTI analysis.
Created Graphs inside /results/analytics folder
Kitti analysis finished successfully.
Sending telemetry data.
Execution status: PASS

作成された graphs のディレクトリ直下に pdf ファイルがあります。

Object_count.pdf でオブジェクトごとのクラス數などを確認できます。

image.generate_image_with_bounding_box=True を設定することで、グラフとバウンディングボックス付き畫像をローカルに生成します。

Notebook

!tao dataset analytics analyze -e $SPECS_DIR/analytics.yaml image.generate_image_with_bounding_box=True

log

Starting Data-services KITTI analysis.
Created Graphs inside /results/analytics folder
Generating images with bounding boxes and labels.
Total image files- 10
100%|███████████████████████████████████████████| 10/10 [00:00<00:00, 14.88it/s]
Images with bounding boxes are available at /results/analytics/image_with_bounding_boxes
Kitti analysis finished successfully.
Sending telemetry data.
Execution status: PASS

Wandb 可視化によるデータ分析

ここではデータを視覚化し、洞察を明らかにするために Weights & Biases を使用しています。Weights & Biases をセットアップするには、wandb 統合ドキュメントを參照してください

wandb ログインキーを生成する手順は下記です。

wandb アカウントを作成し、ログイン
ユーザー設定を開き、API Key をコピー

Weights & Biases の API キーを環境変數として書き込みます。

# set docker env variable.
import json
import os
mounts_file = os.path.expanduser("~/.tao_mounts.json")
tlt_configs["Envs"]= [
        {
            "variable": "WANDB_API_KEY",
            "value": os.environ["WANDB_API_KEY"]
        }
    ]
# Writing the mounts file.
with open(mounts_file, "w") as mfile:
    json.dump(tlt_configs, mfile, indent=4)

下記のように tao_mounts.json に書き込まれていることが確認できます。

!cat ~/.tao_mounts.json

{
    "Mounts": [
        {
            "source": "{local project path}",
            "destination": "{container path}"
        },
        {
            "source": "{local data path}",
            "destination": "{container data path}"
        },
        {
            "source": "{local spec path}",
            "destination": "{container spec path}"
        },
        {
            "source": "{local result path}",
            "destination": "{container result path}"
        }
    ],
    "DockerOptions": {
        "shm_size": "16G",
        "ulimits": {
            "memlock": -1,
            "stack": 67108864
        },
        "network": "host"
    }
    "Envs": [
        {
            "variable": "WANDB_API_KEY",
            "value": "{ your WANDB API KEY }"
        }
    ]
}

アノテーションファイルが分析され、wandb.visualize=True を設定することで、wandb 上に洞察グラフが生成されます。生成されたグラフは、wandb.project パラメーターで指定されたプロジェクト名の下にある wandb で見つけることができます。

!tao dataset analytics analyze -e $SPECS_DIR/analytics.yaml wandb.visualize=True

下記のように Weights & Biases のリンクが出力されるので、リンクにアクセスすると確認できます。

Log file already exists at /results/analytics/status.json
Starting Data-services KITTI analysis.
wandb: Currently logged in as: {your User Name}. Use `wandb login --relogin` to force relogin
wandb: Appending key for api.wandb.ai to your netrc file: /root/.netrc
Initializing wandb.
wandb: wandb version 0.15.7 is available!  To upgrade, please run:
wandb:  $ pip install wandb --upgrade
wandb: Tracking run with wandb version 0.13.10
wandb: Run data is saved locally in /results/analytics/wandb/run-20230801_023158-kxxzqw1v
wandb: Run `wandb offline` to turn off syncing.
wandb: Syncing run run_01/23/08_02:31:58
wandb: ?? View project at {your wandb address}
wandb: ?? View run at https://wandb.ai/{your wandb address}
Kitti analysis finished successfully.
wandb: Waiting for W&B process to finish... (success).
wandb: ?? View run run_01/23/08_02:31:58 at: https://wandb.ai/{your wandb address}
wandb: Synced 5 W&B file(s), 13 media file(s), 13 artifact file(s) and 0 other file(s)
wandb: Find logs at: /results/analytics/wandb/run-20230801_023158-kxxzqw1v/logs
Sending telemetry data.
Execution status: PASS

Weights & Biases で下記のような畫面を確認できます。

image.generate_image_with_bounding_box=True と wandb.visualize=True を設定することで、wandb にグラフとバウンディングボックス付きのアノテーション畫像を生成します。

!tao dataset analytics analyze -e $SPECS_DIR/analytics.yaml wandb.visualize=True image.generate_image_with_bounding_box=True

Weights & Biases のリンクが出力されるので同様にアクセスすると下記のようなブラウザー畫面が確認できます。

データ検証仕様を提供

データ検証パラメーターを設定するための仕様ファイルを提供します。

apply_correction: True
data:
- output_dir: “/results/analytics”
- input_format: “KITTI”
- image_dir: “/data/images”
- ann_path: “/data/labels”
workers: 2

apply_correction パラメーターは、アノテーションファイル內の無効なバウンディングボックス座標を修正するかどうかを決定します。修正されたファイルは data.output_dir に保存されます。

!cat $HOST_SPECS_DIR/validate.yaml

apply_correction: True
data:
  output_dir: "/results/analytics"
  input_format: "KITTI"
  image_dir: "/data/images"
  ann_path: "/data/labels"
workers: 2

データ検証タスクは、反転したバウンディングボックスや境界から外れたバウンディングボックスの座標の數を計算し、ユーザーが與えられたデータで學習を進めるべきか、修正を適用すべきかを提案します。検証サマリーは、データが不均衡であるかどうかを確認するために、オブジェクトタグのカウントも表示します。無効な座標は、apply_correction = True を指定することで修正できます。補正後のファイルは data.output_dir に保存されます。以下は、バウンディングボックス座標の補正條件です。

負の座標を 0 にする
反転した座標を入れ替える
xmax が image_width より大きい場合は、xmax = image_width とする
ymaxが image_height より大きい場合は、ymax = image_height とする

下記の実行結果は反転座標や境界外の座標がないため、無効な座標の數は 0 となります。

!tao dataset analytics validate -e $SPECS_DIR/validate.yaml

Starting Data-services KITTI validation.
Number of total annotations : 92        
Number of invalid annotations : 0
Number of invalid annotations are 0.0 of total annotations,
Number and Percent of annotations with out of bound coordinates 0, 0.0%
Number and Percent of annotations with inverted coordinates 0, 0.0%
Review below table to find if data for object tags is imbalanced
  Object_tags  Percentage
0    dontcare   58.695652
1         car   23.913043
2  pedestrian    9.782609
3         van    3.260870
4       truck    2.173913
5        tram    2.173913
Total kitti files to be corrected - 0
Corrected kitti files are available at /results/analytics/corrected_kitti_files
Kitti validation finished successfully.
Sending telemetry data.
Execution status: PASS

まとめ

本記事では TAO Toolkit 5.0 で追加された TAO Data Service について紹介しました。この機能によってデータ拡張、データアノテーション、データ分析が効率化できれば幸いです。

TAO Toolkit 5.0 に追加された Data Service を活用

TAO Data Service とは

TAO Data Service Notebook

KITTI データを COCO フォーマットに変換する

自動ラベルで擬似マスクを生成する

データ拡張を適用

データ分析の実行

データ分析仕様の提供

Wandb 可視化によるデータ分析

データ検証仕様を提供

まとめ

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TAO Toolkit 5.0 に追加された Data Service を活用

TAO Data Service とは

TAO Data Service Notebook

KITTI データを COCO フォーマットに変換する

自動ラベルで擬似マスクを生成する

データ拡張を適用

データ分析の実行

データ分析仕様の提供

Wandb 可視化によるデータ分析

データ検証仕様を提供

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