Avantika Lal – NVIDIA 技術博客
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Wed, 02 Dec 2020 09:58:08 +0000
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用 RAPIDS 加速單細胞基因組分析
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/accelerating-single-cell-genomic-analysis-using-rapids/
Tue, 01 Sep 2020 08:33:28 +0000
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/?p=401
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人體由近 40 萬億個細胞組成，有許多不同類型。實驗生物學的最新進展使探索單個細胞的遺傳物質成為可能。隨著單細胞基因組學這一新領域的誕生，科學家們現在可以探測人體內單個細胞的 DNA 和 RNA 。 單細胞基因組分析已經確定了人體內的新型細胞，發現了是什么使這些細胞彼此不同，以及不同類型的細胞如何對疾病或藥物作出反應。單細胞基因組學也被證明是當前 COVID-19 大流行的關鍵，它可以識別易受感染的細胞并揭示感染患者免疫系統的變化。 隨著最近的實驗對數百萬個細胞進行測序，單細胞數據的可用性和數據集的大小也在不斷增加。這種分析通常是探索性的，并從互動中得到進一步的好處——在更精細的尺度上識別不同類型的細胞，比較細胞類型并可視化它們之間的關系。當前的工作流仍然非常緩慢，這使得它們對于研究所需的交互分析來說是不可能的。 RAPIDS 是一套開源庫，
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