Gaurav Garg – NVIDIA 技術博客
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Thu, 16 Feb 2023 02:58:17 +0000
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通過 GROMACS 大幅提高多節點 NVIDIA GPU 的可擴展性
http://www.open-lab.net/zh-cn/blog/massively-improved-multi-node-nvidia-gpu-scalability-with-gromacs/
Thu, 09 Feb 2023 02:54:24 +0000
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GROMACS 是一種廣泛用于模擬生物分子系統的科學軟件包，在理解對疾病預防和治療重要的重要生物學過程中發揮著至關重要的作用。 GROMACS 可以并行使用多個 GPU 以盡可能快地運行每個模擬。 在過去幾年中， NVIDIA 和 主要 GROMACS 開發人員 合作進行了一系列多 GPU 和多節點優化。 在這篇文章中，我們展示了這些改進中的最新進展，通過啟用 GPU 粒子網格 Ewald （ PME ）分解和 GPU directcommunication :新 GROMACS 2023 發布版本中提供的一項功能。我們觀察到，通過這項工作，性能提高了 21 倍。 在 之前的文章 中，我們對單個節點內的多 GPU 可伸縮性進行了優化，包括 GPU direct 通信的開發。我們描述了 GROMACS 通常如何將一個 GPU 分配給 PME…
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