用 MONAI 和 RAPIDS 實時進行全幻燈片圖像分析

Thu, 13 Jul 2023 06:10:25 +0000

數字病理切片掃描儀生成大量圖像。載玻片通常以 40 倍的放大率進行掃描，得到千兆像素的圖像。壓縮可以將每個幻燈片的文件大小減少到 1 或 2 GB ，但這種數據量在移動、保存、加載和查看方面仍然具有挑戰性。要以全分辨率查看典型的完整幻燈片圖像，需要一個網球場大小的監視器。與組織病理學一樣，基因組學和顯微鏡可以產生數兆字節的數據。有些用例涉及多種模式，將這些數據轉換為更易于管理的大小通常需要進行漸進式轉換，直到只保留最顯著的特征。本文探討了實現這種數據細化的一些方法，使用的分析類型，以及諸如MONAI和RAPIDS可以釋放有意義的見解。以一個典型的數字組織病理學圖像為例，因為這些圖像現在在全球的常規臨床環境中使用。 MONAI 是一套開源、免費的協作框架，旨在加速醫學成像領域的研究和臨床協作。 RAPIDS 是一套開源軟件庫，用于在 GPU 上構建端到端的數據科學和分析管道。

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使用 RAPIDS-singlecell 進行 GPU 加速的單細胞 RNA 分析

Tue, 27 Jun 2023 06:19:06 +0000

單細胞測序已成為生物醫學研究中最突出的技術之一。它在細胞水平上破譯轉錄組和表觀基因組變化的能力使研究人員獲得了有價值的新見解。因此，單細胞實驗的規模和復雜性增加了 100 多倍，涉及 100 多萬個細胞的實驗越來越普遍。但是，必須在高度迭代的過程中對結果數據進行分析。至關重要的是，快速算法用于這些迭代步驟，以實現快速周轉時間。為了使用 Python 進行更一致的單細胞分析，scverse致力于構建一個完整的生態系統，以幫助研究人員進行分析。該生態系統的核心是一種數據結構，它可以在整個數據處理管道中維護各種轉換的注釋，從而實現單細胞分析。 AnnData 是一個 Python 包，用于處理內存和磁盤上的注釋數據矩陣，是 Scanpy 庫，是 scverse 生態系統中的主要單細胞分析套件。Scanpy 構建在 PyData 生態系統中常見的其他庫之上，如 NumPy 、

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生物信息學；基因組學 – NVIDIA 技術博客

用 MONAI 和 RAPIDS 實時進行全幻燈片圖像分析

使用 RAPIDS-singlecell 進行 GPU 加速的單細胞 RNA 分析